犬夜叉结束50年后，戈薇等人都老了，然后一个个死去，剩下犬夜叉、杀生丸、钢手、七宝这些妖怪还活着。钢手和七宝选择的配偶是妖怪所以不担心对方寿命太短而伤心痛苦，但犬夜叉和杀生丸却不是。虽然是50年，但相比起犬夜叉的人生还是太过短促。犬夜叉还是那个少年模样，心性还未成长，有些毛燥，有些任性，有些别扭，虽然也有担当，但还是无法承受至亲之人的死的痛苦。
犬夜叉抱着戈薇的尸体大哭。杀生丸冷冷地站在他身后。
不过，这时候故事才刚开始。妖灵山突然出现一些奇怪的家伙，并且有妖怪失踪，许多妖怪向犬夜叉和杀生丸求救。为了调查这起事件，两人去了妖灵山， 发现了穿越之眼。穿越之眼不只一个，它们从各处喷发。只要你站到妖灵山的地界上，你的脚下就有可能突然喷出一口穿越之眼，将你带到过去、未来、或者任意一个异空间。犬夜叉和杀生丸就此开展了封印穿越之眼的旅程。