《百鬼夜行之破邪眼》讲述的是一个中国普通的高中生秋源桐，在一次与同学出门交游时，不慎与朋友走散而坐到湖边，竟意外受到了潜伏在水中的妖怪“化蛇”的攻击，被略知法术的少年寒狐子所救，并告知其右眼是有“观灵”异能的“破邪眼”。“破邪眼”并不是一开始为秋原桐所有，最初是一个奇异灵体，其体内存在着妖魔都想获得的“万灵之源”，后因受到法术封印而附在了施法者身上，施法者死后灵魂带着灵体进入另一个生命体中，由于灵体并不是得以消除便依附在了投胎而入的生命体的右眼处，并给予 “观灵”能力，到一定岁数后能力自动显现出来，为此秋原桐在往后的日子里不断受到古今中外的妖怪袭击，并结识了一些有着特殊能力的朋友，最终“破邪眼”的灵体被召唤出来由神兽带走，饱受苦难的秋原桐终于又恢复了原本平凡的生活。