故事发生在《仙剑三》的五十年后，起点始于奇险天下第一山华山之巅，驰骋于神州大地，往来于天地之间，东临渤海，南抵巴蜀，北至传说中的北极之地，西达上古圣山昆仑仙境。龙氏家族少主龙璇学艺归来，碰上惨遭血月神教灭门而侥幸活下来的刚烈女子洛昭雪。长安城中出现异常凶猛的异族怪兽，在武功极其强悍的少年姜萧的帮助下消灭怪物。蜀山五大长老托付龙璇前去寻找进入传说中妖魔两族的入口，寻找神族女娲遗留下来的女娲神石，征途漫漫。