江户川柯南与FBI和CIA联手一起进攻黑衣组织，将黑衣组织的人全部逮捕。在黑衣组织的大本营里也发现了APTX-4869的数据，灰原从数据中提取出了解毒药，两人也恢复过来了。
在研究解药的过程中，柯南也终于想明白了，毛利兰只不过是自己从小的玩伴。他真正喜欢的人是灰原。他一直想找一个机会向小兰解释。
之后工藤和志保有揭穿了怪盗基德的真实身份得知了怪盗基德偷宝石有一一归还的原因了。
后来，工藤又破了大大小小的许多案子，过了一阵安静的日子，但由于基德的那个神秘组织，工藤和宫野也被牵扯进来了。