传说玛雅预言2012-12-21是末日，蓝零在末日前接到要她把发明生物机械的普兰斯博士，因为一场飞机事故，蓝零掉到无人的森林，了解到了末日的真相：科学世界要总结，新的魔法世界要来临，蓝零发现自己不但拥有魔法而且还有一双能飞的翅膀。在森林里蓝零就下了涅，两人经过一段时间的野外求生并建立了感情，回到城市后，蓝零发现涅就是自己要捉的普兰斯博士，为了不背叛组织，最终蓝忍痛把涅捉了回去后，却发现华府的目的竟是生物武器，而且在末日来临时华府最后抛弃了自己的子民上了船。在末日中蓝零集合一群会魔法的同伴与联合政府对战，魔法与科技的对战最后是谁胜谁负呢？