自从孙继海在比赛中让科萨将忻峰换下后，陕西中建俱乐部内部的种种矛盾即被媒体曝光，其矛头都是指向了主教练科萨。据知情人透露，陕西队内早已裂变成了两个派别，分别是科萨派和老浐灞系，只要能够成为科萨的亲信，就能够在经济方面获得较高的回报。
从科萨入主陕西后，他的管理模式就受到了部分球员的质疑。在球队内部，凡是大连旧部都会得到科萨的照顾，这才有了赵旭日训练场脚踹郑涛事件，也有了孙继海在比赛中"指挥"科萨换下忻峰的一幕。此外，科萨对球队有着绝对的掌控权，陕西队赢球奖金如何发放都是他一人说了算。按照惯例，赢球奖应该根据球员的上场时间等发放，但科萨都是凭借个人喜好来决定给谁发多少钱。
据悉有一些科萨的嫡系球员，即使比赛都没能够进入18人大名单，也能够在赛后赢得一部分奖金，甚至数额还要高于那些在场上拼命的球员。由于本赛季陕西俱乐部投入巨大，赢球奖是球员收入的重要来源，但科萨在奖金分配上的不公让很多球员都充满怨言。
更有甚者，还有些科萨嫡系借着主教练选定18人名单机会，收取其他队友的好处费，而且这些人的行为科萨也并非不知情，但也基本上睁一只眼闭一只眼。这也是为什么本赛季科萨排出的主力阵容基本上变化不大，只有那么十四、五个球员能够获得稳定的出场时间，其他人则注定要把板凳坐穿。
另外科萨在中超二次转会期间的决定也让很多人感到不解，当时陕西缺少一个好的门将和一位前锋，但科萨却拒绝了北方某豪门球队首席前锋以及一位国家队正选门将，却买进了年薪40万美元的巴哈利卡，尽管巴哈加盟后也展现了一定的实力，但他的位置陕西并不缺乏好的球员。
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