由于子弹从左脸颧骨下方接近鼻侧处进入，贯穿鼻中膈，自右颧骨后方接近太阳穴处穿出，伤势路径总长约十五到二十厘米，且造成右颧骨骨折，连胜文26日晚21时53分进入开刀房，直到27日凌晨1时30分才完成手术。
虽然连胜文的伤势并无致命危险，但因他的身份及受伤原因特殊，台大派出包括整形外科、血管外科、重症加护及耳鼻喉科等，至少八名主治医师参与手术，阵仗颇大。
一名参与手术的台大医疗团队成员透露，连胜文手术主要是以微创的内视镜，清创伤口表面上百片火药碎屑，再将碎骨归位，并于两颊颧骨下方各置一个鸽蛋大小的水球负责固定，同时以引流管引出多余血水，过程复杂，所以手术时间才会耗时近四小时。因子弹穿过连胜文的鼻中膈后方，导致深处软组织被破坏，所以医疗团队也置入支架，撑起连的鼻骨，以免影响唿吸。
外传连胜文口腔咬合、颜面神经甚至嗅觉，都可能因此次枪伤受到影响，一名不愿具名的台大医疗团队人员说，连胜文受伤部位距离口腔、嗅神经有段距离，应不至于留下后遗症。
会留下难看疤痕吗?台大医师说，手术时采取与眼周纹路一致的方向缝合，再配合除疤药物，应不致太明显。
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