在新能源门类下，生物质能所占篇幅最大。受鼓励类的项目具体包括：生物质纤维素乙醇、生物柴油等非粮生物质燃料生产技术开发与应用；生物质直燃、气化发电技术开发与设备制造；农林生物质资源收集、运输、储存技术开发与设备制造；农林生物质成型燃料加工设备、锅炉和炉具制造；以畜禽养殖场废弃物、城市填埋垃圾、工业有机废水等为原料的大型沼气生产成套设备；沼气发电机组、沼气净化设备、沼气管道供气、装罐成套设备制造。
中国农村能源协会生物能专委会主任王孟杰认为，这其中最主要的原因就是相对于其他新能源形式，生物质能目前产业化的程度最低。在业内人士看来，指导目录中鼓励生物质能最实在的内容，在于鼓励生物质发电。
根据发改委2007年发布的国家《可再生能源中长期发展规划》，2020年全国生物质发电装机容量将达到3000万千瓦，其中农林生物质发电装机容量可达2400万千瓦。去年，发改委发布生物质发电统一执行标杆上网电价每千瓦时0.75元的政策，这使得大部分生物质电厂可以实现盈利。
长江证券认为，A股市场上生物质发电概念的典型公司是凯迪电力（000939），与其他公司相比，该公司在设备成本、燃料保障、技术和项目上都保持优势，目前公司拥有20个相关项目，预计2012年上半年前可以全部投产并发电。
但中国农村能源协会生物能专委会主任王孟杰却认为，考虑到我国生物质燃料收集成本过高，国家在政策上更应该鼓励装机规模更小的生物质气化发电。生物燃料目前存在的最大问题仍旧是成本过高，未来能否有发展空间，一是看技术进步，二是看国际市场原油价格走势。
在A股市场上，目前丰原生化（000930）已经形成一定的乙醇汽油产业化规模，而北海国发（600538）在收购广西国发生物质能源有限公司100%股权后也开始涉足燃料乙醇领域。
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